Chemcompute

L'ensemble des TP se fait sur chemcompute. Vous devez vous y logger avec votre identifiant UCAD. Faites le à l'avance.

Chemcompute

Chemcompute est une initiative du Prof M. Perri aux USA (vers San Francisco). Le site offre un accès rapide à des programmes de qualité, accompagné de tutoriels.

Gestion des jobs

Tout job lancé pourra être suivi dans votre "Dashboard", qui accessible par le lien en haut à droite (en blanc sur fond noir). Le tableau de vos jobs contient notamment un Statut (Submitting,Active, Complete), un résultat (Success,Error) et une date. La ligne du dessous contient un descriptif et les mots que vous avez écrit dans la rubrique "Name for input file". Un bouton "Cancel" permet d’arrêter un calcul en cours. La case recherche (Search) vous permet de selectionner vos job en filtrant les occurences que vous avez écrit en "Name for input file". Vous devez noter dans votre cahier de labo le numéro de job avec un commentaire suffisamment parlant. Si la case "public" est cochée, ce numéro de job permet de partager votre travail avec d’autres utilisateurs , les enseignants en particulier.

GAMESS

GAMESS est un programme de calcul gratuit mis a disposition par Prof Mark Gordon. Le manuel est en ligne : input.pdf, il fait quelques 500 pages. Les onglets de cette barre latérale ont pour but de vous éviter de tout lire, en vous expliquant le minimum. Il existe une pléthore d'autres ressources

GAMESS prend en lecture un fichier de commande appelé "fichier d'input", et ressort un fichier d'exécution nommé "fichier d'output". L'output contient le résultat de votre calcul.

Input (.inp)

Un fichier d'input est un fichier texte simple avec l'extension .inp et contient des groupes de commande décrivant votre demande dans des "$Namelist".
Le début d'un groupe est noté par un $GROUP. ATTENTION, le "$" doit impérativement être situé en 2° colonne et fini par un $END. (On peut utiliser des minuscules) Rien ne doit etre écrit dans la première colonne pour des raisons historiques.

•  ! TITR ce qui suit un ! n'est pas lu
•  $CONTRL ! controle general
      RUNTYP=ENERGY SCFTYP=RHF
      MULT=1 iCHARG=0     ! charge + spin multiplicity 1= singulet
   $END
•  $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1
       DIFFSP=.TRUE.  $END
•  $DATA                                   !   Description de la molécule
   Title
   C1                                          !  Groupe de symetrie
   H 1.0 0.0 0.0 0.00                  !   Symbole(i) Z(i) x(i) y(i) z(i)
   H 1.0 0.0 0.0 0.74                  !
   $END
•  $SCF DIRSCF=.TRUE. $END
•  $SYSTEM TIMLIM=525600 MEMORY=1000000  $END

Output (.out)

Le fichier de sortie (Output) peut être trés long. Il contient de nombreux détails. La plupart de ces informations seront visualisées sous JsMol dans le site de chemcompute. On visualise ainsi facilement les orbitales et les modes de vibrations. Cependant quand le programme ne fonctionne pas, on doit télécharger le fichier et chercher des indications permettant de corriger nos erreurs. (il est entendu que GAMESS ne fait pas d'erreur, mais ses utilisateurs oui)

Edit de l'input

Le site ChemCompute permet de ré-écrire entièrement le fichier .inp. Dans bien des cas c'est la méthode à privilégier, en particulier lorsque des contraintes doivent être appliquées. On utilise alors le bouton

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